Napredak u HIV istraživanjima omogućen zahvaljujući NVIDIA GPU akceleratorima

Istraživači na University of Illinois at Urbana-Champaign (UIUC) postigli su veliki napredak u borbi protiv širenja HIV virusa koristeći NVIDIA Tesla GPU acceleratore, objavila je NVIDIA danas.    
Na naslovnoj strani najnovijeg broja časopisa Nature, svetski najtiražnijeg interdisciplinarnog naučnog magazina, izašla je nova lista detalja kako su UIUC istraživači u saradnji sa istraživačima na Univerzitetu u Pitsburgu na Medicinskom fakultetu, po prvi put, utvrdili preciznu hemijsku strukturu HIV-a capsid-a proteinskog omotača koji štiti genetski material virusa i predstavlja ključ njegove virulentnosti. Razumevanje ove strukture može biti ključ za razvoj novih i efikasnijih lekova za borbu protiv virusa koji je po procenjenama usmrtio 25 miliona ljudi , a kojim je zaraženo 34 miliona više.
UIUC istraživači su otkrili detalje o strukturi capsid-a pokretanjem prve all-atom simulacije HIV-a na Blue Waters superkompjuteru. Uz pomoć 3.000 NVIDIA Tesla K20Ks GPU akceleratora – najefikasnijim akceleratorima ikada izgrađenim – Cray XK7 superkompjuter je omogućio istraživačima računarske performanse za pokretanje najveće simulacije ikada objavljene, koja uključuje 64 miliona atoma.
“Bilo bi vrlo teško pokrenuli simulaciju ove veličine bez snage GPU superračunarskog akceleratora u Blue Waters sistemu”, izjavio je Klaus Schulten , profesor fizike na Univerzitetu u Ilinoisu . ” Mi smo počeli da koristimo GPU akceleratore pre više od pet godina i oni su suštinski ubrzali tempo našeg istraživanja .”
Dizajniran da ubrza širok spektar naučnih i tehničkih računarskih aplikacija , NVIDIA Tesla GPU akceleratori omogućavaju istraživačima širom sveta da naprave dramatično nove pomake u različitim naučnim oblastima – uključujući alternativne izvore energije, astrofiziku, razvoj lekova i klimatska istraživanja, pored ostalih. Oni isporučuju značajno bolje performanse i bolju energetsku efikasnost u poređenju sa sistemima baziranim samo na CPU-ovima.
“GPU-ovi pomažu istraživačima da dostignu nove granice naučnog otkrića , omogućavajući im da reše veće probleme i da dobiju uvid u veće i kompleksnije sisteme,” rekao je Sumit Gupta, generalni direktor Tesla Accelerated Computing Business Unit u kompaniji NVIDIA. “Blue Waters i Titan superkompjuteri , svetski broj jedan superkompjuteri koji se koriste u naučne svrhe u Oak Ridge National Labs , su samo dva od mnogih sistema opremljenih GPU – ovima koji omogućavaju novi talas u svetu naučnih otkrića. ”
Capsid može biti ključ za veću efikasnost lekova
Sa planiranim dodavanjem više GPU-ova u Blue Waters system, UIUC istraživači očekuju da se povećaju simulaciju, pružajući dodatni uvid u strukturu i ponašanje HIV capsid-a. Capsid je posato atraktivna meta za razvoj novih antiretroviralnih lekova, uglavnom zbog otkrića da su Rezus majmuni razvili imunitet na HIV putem proteina koji ometa funkcionisanje capsid-a.
Capsid je protein ćelije virusa, koji sadrži genetski materijal virusa. On štiti i ” švercuje” genetski materijal u ljudske ćelije. Kada jednom uđe , ona ispušta materijal i inicira infekciju.
O Tesla GPU-ovima kompanije NVIDIA
NVIDIA Tesla GPU-ovi su snažni paralelni akceleratori zasnovani na NVIDIA CUDA kompjuterskoj platformi i programskom modelu. Tesla GPU-ovi su od samog početka dizajnirani za energetski efikasne, računare visokih performansi, računarske nauke i superračunare , pružajući drastično veće ubrzanje aplikacija za niz naučnih i komercijalnih aplikacija nego samo CPU  pristup .
Da biste saznali više o CUDA platformi ili da biste preuzeli najnoviju verziju, posetite CUDA sajt. Pratite nas na Twitter- u na @NVIDIATesla.